以下为药师咒咒文及注音标识。括号内为注音标识：
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。 (nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。)
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。 (bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。)
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。 (ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。)
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。 (ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。)
发音注解：
南谟：读作(nā那 mó摩)，或读(ná拿 mó摩)(今人读此音居多)，是“南无”的不同音译词。
薄：读音为(bó伯)。
鞞：有三种读法：(pí皮)、(bǐ比)、(bǐng丙)。这里念(pí皮)比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”;“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”;“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。(见《佛学大辞典》。)
窭：读作(jù巨)。
薜：读(bì毕)。
喇：古读(là辣)，见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读(lǎ)(lā)(lá)。
喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成(hé合)，古音“合”。
阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作(hē诃)。
啰：各地多读成(là辣)，此字与喇通假。
阇：读作(shé蛇)。
怛(dá答)他(tuō拖)揭多也。
怛(dá答)侄(zhí直)他(tuō拖)。
唵：读(ōng嗡)或读(ǎn俺)。藏语系佛教读(ōng嗡)音，汉语系佛教多读(ǎn俺)音。
三没(mó古音模)揭帝莎(suō通娑)诃。
