宋哲宗元祐六年(公元1091年)九月的一天，大师元净说讲究毕，如往常一样来到禅房外听归山的群鸟与溪流的交响，他下意识地想起一个数字八十一。他今年八十一岁了。在他初生时，仍有一个八十一，神秘的数字：他一生下来左肩的肉便如袈裟一样隆起，家里人为此惶恐不已，担惊受怕地过了整整八十一天，它才消去。父母后来醒悟，或许这孩子非尘网中人……
他们猜的很对，到十岁时，他便出家了。此后的岁月他生活得很是清净闲淡，十八岁时，随慈云学习，没过几年就很有造诣，常常在大悟了困绕多日的疑惑之后激动得泣下如雨，就这样在清灯黄卷中摸索了十五年。他的名声渐起，杭州太守吕溱请他住进大悲阁，并上奏本。皇帝赐他紫衣与“辨才”的名号。这一切他都微笑着接纳，接纳之后也就放下了。嘉祐年间(1056一1063年)，中翰沈遘巡视杭州，见上竺寺阔大，适于宣讲，便请他去居住。这样一来，学徒大增，只得扩建僧舍。元净说法不分昼夜，但有个规矩，他说：“凡鬼神，威德修炼不到家者，白天不许来，夜里无人时，才能来听。”元净为了供奉佛陀，不止一次焚烧手指，到后来两手加起来才剩五个，徒众无不感佩。其中一个，想效法老师所为，元净当即喝止：“修道岂能亦步亦趋，象我这样的人才能这样做。修行西方净业，只在时时留意，须臾不得废弃。”说得徒弟唯唯而退。有时他也向大士祈祷，要求自身放光，一求便应。熙仲与他对面而食，忽然见他眉目间灵光闪耀，熙仲一阵狂喜，猛然探身去抓。饭撒了一地，手里是数枚舍利子。元净见熙仲惊愕地望着他，只是笑一笑，仍低头吃饭。此后徒众们常常在他的卧榻上觅到闪闪发光的舍利子。
然而也有出现麻烦的时候。熙宁三年(公元1070年)，杭州太守祖无择入狱，元净因铸钟的缘故也受牵连，不过没多久便被释放了。刚安定下来，便又有人眼红寺院所得财物丰厚，倚仗权势强占了，徒众纷纷作鸟兽散。元净对所有这种纷乱不以为意。只过了一年，霸占佛寺者便败露了，他又回寺中，徒众也纷纷返回。赵清献与他交游多年，见状作赞道：“师去天竺，山空鬼哭，天竺师归，道场重辉。”不久便辞谢，隐居到南山的龙井，也间或出来一次，在南屏与灵山祖场讲道，多是俯就僧俗大众的赤诚而已，常是席不遐暖便告退。
元祐四年(公元1089年)，文豪苏东坡出镇杭州，遍访山僧野客。一次问元净道：
“北山中道行如法师这样的有几个人?”
“僧人中多有密行，不能遍识。”巧妙地避开了与人争短长。
东坡有个儿子，到四岁还不能走，便舍他出家，元净为小孩摩顶，没几天就欢蹦乱跳如同正常小儿，东坡连连称善。
秀州嘉兴县令陶彖的儿子被鬼魅所祟，恰好元净来到，陶拿香前来恭请，便随他到家。小儿正左摇右摆，口中念念有词，两眼迷离。元净双目灼灼，小儿一见浑身一激凌。元净盘腿而坐，将小儿拉至跟前问道：
“你住什么地方?为何到这里来了?”
“会稽以东，卞山南面是我的宅院，那里古木苍苍。”小儿怯怯地答道。
“你姓什么?”
“吴王山上无人处，几度临风学舞腰。”小儿说起了谜语，他狡黠地打了一眼元净。
“你姓柳吗?”元净不假思索地问。
小儿眉开眼笑，元净默思不语。
“哼!你自无始以来，迷失本性，追逐外物，反为外物所制。沉溺于YIN邪秽污，漂流放浪，历尽千劫，尚不能自行解脱，坠入魔趣之中，横生灾害，祸及无辜。你现在应当知道，魔便是非魔，魔便是法界。我当为你宣说《首楞严秘密神咒》，你要仔细听讲。痛自悔恨，述说以往的过失，返归本来的清净。”
小儿听元静咒完，大声哭号，不再答话，自此便恢复了常态。
有位李生，有才辩而少操行，想随元净出家。东坡为他去说情，尚未说出姓名，元净便摆手道：“不行，不行。”仿佛预先知道一样。秀州有个狂僧号回头，常以旁门左道迷惑众人。一次忽然兴起念头，说要建大塔，为吴地人聚福。行施者络绎不绝，回头心中大喜。但入杭州前，却犯了犹疑：元净如何能欺瞒得过?左思右想，只得派人带着十万钱前来，说是供养僧人用。元净不动声色：“以建塔的净财来给僧人买饭，教有明文，不许互用。”狂僧大惭而止。
日子不知不觉地过去，转眼间元净便八十一岁了。他知道这对自己意味着什么，从生命的起点到生命的终点，从八十一天到八十一年，一个多么完美的契合，他的时间到了。他告诉僧众他们该另寻良师，便进入方圆庵中静坐，不见客，不饮食，不言语，一连七天，窗外的清流与飞鸟依旧发着自然的声音。
第七天，他留下最后的偈子，便右胁着地，侧卧而亡。
