改革开放以来，各级政府重视宗教工作，落实宗教政策，使该寺得以重放光彩。1994年由南雄市政府礼请当代禅宗大师、佛门泰斗本焕老和尚（上本下焕老和尚）发起重建，于1994年发起策划筹备，并委派其徒印先、徒孙顿勇等人筹建，得到了政府及十方善信的大力支持，1996年11月8日在莲社庵原址奠基重建，历经五年多的筹建，至1999年12月全面落成。于2001年10月份举行佛像开光大典，方丈升座。
学苑现有学僧五十余人、常住尼众八十余人，且年轻有文化，部份是佛学院毕业生。在才僧管理方面，严格遵守丛林修学：上殿、过堂、诵经、上课、出坡劳动等，皆遵循古制，僧团生活教育均如法如律的进行，又结合现代的课堂教育。学苑特聘请了闽南佛学院本科毕业的四位法师担任讲师，开设了一系列的教内必修课。为提高教学质量，除此之外，学苑还开设了美术、书法、古代作品选等课堂。从而提高学僧的古代汉语阅读、书法书写和鉴赏水平。使培养出来的学僧达到修学并重、使之成为新世纪的合格僧才。并已开设“莲开学佛讲座”，每周日对在家信众传授佛学知识。
多年来该寺秉承祖德风范，夏季安居，冬季佛七。倡导以“持戒为本、净土为归”的修学宗旨。每日晨钟暮鼓、朝晚课诵、诵经礼忏、听经闻法、念佛坐香谨遵佛制，如法如仪、六和共住、住持正法、弘扬佛法、续佛慧命、弘法利生、庄严国土、利乐有情。
为培养弘扬佛法的后继僧才，由方丈上本下焕老和尚于2003年春创办了“莲花尼众学佛苑”，学修一体化，学院丛林化，旨在培养爱国爱教、解行并重、正信具足、具有一定佛学知识与实践能力，立志从事佛教弘法事业的二十一世纪的佛教年轻尼众接班人。同时，为了满足广大信众求学佛法的需要，更好的了解佛法、认识佛教，方丈上本下焕老和尚倡导创办“菩提树”佛学夏令营活动，于每年夏季举办“菩提树”夏令营，已成功的举办了数届。此项弘法活动的开展，取得了良好的效果。
今日全寺尼众在监院顿勇法师，知客顿光法师的带领下，寺院管理建设更加完善、法务活动进行得更加顺利。同时，在南雄市各级政府的大力支持和关怀下，也将进一步完善配套设施，在不久的将来，使之成为省内规模较大，布局完整的尼众丛刹。
