1949年后，政府对开元寺重加保护，拨款修缮，1962年建省人民政府将其确定为省重点文物保护单位。“文革”期间由于当时主持市委工作的王今生书记力加保护，未遭破坏，1980年，开元寺被列为国家级文物保护单位。1985年由新加坡侨僧捐巨资全面修缮，使这一千年古刹再次生辉。
开元寺建筑宏伟，风光别具，全寺南北长二百米，东西宽三百米，占地面积七万八千平方米，主要建筑有天王殿、大雄宝殿、戒坛、藏经阁、水陆寺、檀越祠、准提禅林。房舍五百余间，规模宏大，布局严整，气派雄伟。相传大雄宝殿建筑之初，常有“紫云盖地”之瑞，故称“紫云大殿”。大殿为明朝重檐歇山式建筑，面阔九间，进深八间，高约20米，有88根石柱，故又称“百柱殿”。
寺中文物甚多，泉州海外交通史博物馆于寺之东侧，唐朝名僧匡护、五代释弘则、宋朝释行昭、近代弘一法师等，都曾在寺驻锡，开堂讲经。唐宋时印度、西域等地僧人屡居此寺，名扬四海。天王殿后有长廊，列置宋以后历代所建各种形式的石经幢、小石塔、焚帛炉等多座。大雄宝殿的柱头斗拱，附刻带翅飞天乐使24尊，为国内古建筑上所罕见，殿前月台须弥座上刻172幅人面狮身青石浮雕，殿后廊的两根婆罗门教青石柱上刻着印度、锡兰等地流传的神话故事。
开元寺的甘露戒坛与北京戒台寺、杭州昭庆寺的戒坛合称为中国三大戒坛。坛分五层，供有卢舍那、释迦牟尼、阿弥陀佛、千手千眼观音以及金刚等，下座环立戒神牌位64座。
藏经阁藏经逾万卷，其中有20余卷宋版经书，为衡世珍宝。寺中供有高1.8米的毗卢舍那佛，为国家一级文物，收藏有辟支佛舍利，为公元897年僧朝悟所纳。古钟陈列室保存历代铜钟、铁钟十余口。
开元寺方丈妙莲法师，上海人，系弘一大师弟子，高龄近百。任监院道元法师，福建省泉州人。
